Baltymo identifikavimas peptidų „pirštų atspaudų“ metodu kombinuotu su dviguba masių spektrometrija
Proteomos kokybinių ir kiekybinių skirtumų analizė elektroforeze, skysčių chromatografija, masių spektrometrija
Peptidų sekos nustatymas (sekvenavimas) de novo
Baltymo molekulinio svorio nustatymas
Baltymo potransliacinių modifikacijų paieška bei identifikavimas
Sudėtingo baltymų mišinio išskirstymas vienkrypte (SDS-PAGE)
panaudojant Hoefer SE600 horizontalę elektroforezės sistemą
arba labai sudėtingo baltymų mišinio išskirstymą dvikrypte baltymų
elektroforeze (izofokusavimas ir SDS-PAGE), panaudojant Ettan™ IPGphor 3
sistemą izofokusavimui ir SDS-PAG elektroforezės sistemą Ettan
DALTsix™ 6 gelių (17-24 cm) vertikalią sistemą. Geliai, nudažyti Coomassie™ arba sidabru skenuojami Image Scanner™ III ir
analizuojami
Image Master Platinum 2-D diferencinės analizės
programine įranga. Baltymai iš gelio išpjaunami rankiniu būdu.
Tyrimo pavyzdys Nr. 1
Baltymų, esančių gelyje, paruošimas masių spektrometrinei
analizei: proteolizė, ekstrakcija, redukavimas, alkilinimas, nudruskinimas
ir padengimas ant MALDI plokštelės.
Tyrimo pavyzdys Nr. 2
Baltymų mišinio paruošimas peptidų chromatografijai:
proteolizė, ekstrakcija, redukavimas, alkilinimas, nudruskinimas.
Tyrimo pavyzdys Nr. 3
Peptidų mišinio (vidutinio sudėtingumo arba labai sudėtingo)
išskirstymas kapiliarine chromatografija užnešant frakcijas ant MALDI
plokštelės panaudojant kapiliarinę
Dionex Ultimate™ 3000 chromatografijos
sistemą ir Probot™ su programine įranga. Tik iš
organizmų, kurių
genomų seka nustatyta.
Tyrimo pavyzdys Nr. 4.
Baltymo molekulinės masės nustatymas
MALDI TOF/TOF
masių spektrometru.
Tyrimo pavyzdys Nr. 5.
Nežinomo baltymo identifikavimas sąlyginai nesudėtingame
(~2-10 baltymai) mišinyje
MALDI TOF/TOF
arba Q trap 4000
masių spektrometrais – tik iš
organizmų, kurių
genomų seka nustatyta.
Tyrimo pavyzdys Nr. 6.
Nežinomo baltymo identifikavimas sudėtingame (šimtai -
tūkstančiai baltymų) mišinyje MALDI TOF/TOF masių spektrometru – tik iš
organizmų kurių genomų seka nustatyta.
Tyrimo pavyzdys Nr. 7.
Žinomo baltymo buvimo mėginyje patvirtinimas Q trap 4000
masių spektrometru (MIDAS technologija) - tik iš organizmų, kurių genomo
seka nustatyta, arba kai žinoma tiriamo baltymo amino rūgščių seka/sekos
dalis.
Tyrimo pavyzdys Nr. 8.
De novo peptidų sekos nustatymas sąlyginai gryname
baltymo mėginyje MALDI TOF/TOF masių spektrometru; yra papildomų sąlygų
(kreiptis: valius@bchi.lt).
Tyrimo pavyzdys Nr. 9.
Baltymo cheminės modifikacijos nustatymas Q trap 4000 masių spektrometru. Dauguma šių tyrimų yra sudėtingi, todėl siūlome sudaryti tyrimo sutartį (kreiptis: valius@bchi.lt).
kai žinoma baltymo amino rūgščių seka ir žinomas tiriamos
modifikacijos tipas
Tyrimo pavyzdys Nr. 10.
kai žinoma baltymo amino rūgščių seka, bet nežinomas
modifikacijos tipas
Tyrimo pavyzdys Nr. 11.
kai ieškoma baltymų, turinčių konkretų modifikavimo tipą
sudėtingame baltymų mišinyje, nežinant kokiuose baltymuose yra šis
modifikavimo tipas, tik iš organizmų kurių genomo seka yra nustatyta.
Tyrimo pavyzdys Nr. 12.
Baltymų ekspresijos skirtumų paieška (baltymų-biožymenų paieška ir patvirtinimas) MALDI TOF/TOF ir Q trap 4000 masių spektrometrais (geriausia ką gali ši dviejų masių spektrometrų pora!—unikalus įrangos derinys Baltijos valstybėse ir Rytų Europoje vienoje vietoje, šiuo metu):
kai tiriami labai kompleksiški baltymų mišiniai, ieškomi
baltymų sąstato kokybiniai ir kiekybiniai skirtumai, tik organizmuose,
kurių genomų sekos nustatytos – panaudojama
iTRAQ technologija, naudojant MALDI TOF/TOF masių spektrometrą. Tyrimai yra
labai sudėtingi, todėl galimi tik sudarius bendradarbiavimo sutartį
(kreiptis: valius@bchi.lt).
Tyrimo pavyzdys Nr. 13.
kai ieškomi konkrečių baltymų kiekybiniai skirtumai
ir/arba jų cheminių modifikacijų skirtumai (iki 100 baltymų vienoje
analizėje). Analizuoti galime dideles mišinių grupes (dešimtys -
tūkstančiai). Tam naudojamas Q trap 4000 masių spektrometras, tik iš
organizmų, kurių genomų sekos yra nustatytos. Tyrimai yra labai
sudėtingi todėl galimi tik sudarius bendradarbiavimo sutartį (kreiptis:
valius@bchi.lt).
Tyrimo pavyzdys Nr. 14.